"Does replication groups scoring reduce false positive rate in SNP interaction discovery?: Response"

<p>Abstract</p> <p/> <p>A response to Toplak et al: Does replication groups scoring reduce false positive rate in SNP interaction discovery? BMC Genomics 2010, 11:58.</p> <p>Background</p> <p>The genomewide evaluation of genetic epistasis is a computationally demanding task, and a current challenge in Genetics. HFCC (Hypothesis-Free Clinical Cloning) is one of the methods that have been suggested for genomewide epistasis analysis. In order to perform an exhaustive search of epistasis, HFCC has implemented several tools and data filters, such as the use of multiple replication groups, and direction of effect and control filters. A recent article has claimed that the use of multiple replication groups (as implemented in HFCC) does not reduce the false positive rate, and we hereby try to clarify these issues.</p> <p>Results/Discussion</p> <p>HFCC uses, as an analysis strategy, the possibility of replicating findings in multiple replication groups, in order to select a liberal subset of preliminary results that are above a statistical criterion and consistent in direction of effect. We show that the use of replication groups and the direction filter reduces the false positive rate of a study, although at the expense of lowering the overall power of the study. A post-hoc analysis of these selected signals in the combined sample could then be performed to select the most promising results.</p> <p>Conclusion</p> <p>Replication of results in independent samples is generally used in scientific studies to establish credibility in a finding. Nonetheless, the combined analysis of several datasets is known to be a preferable and more powerful strategy for the selection of top signals. HFCC is a flexible and complete analysis tool, and one of its analysis options combines these two strategies: A preliminary multiple replication group analysis to eliminate inconsistent false positive results, and a post-hoc combined-group analysis to select the top signals.</p

Comparative study on the impact of equally stressful environmental sporulation conditions on thermal inactivation kinetics of B. subtilis spores

Control of bacterial spores continues to be one of the main challenges for the food industry due to their wide dissemination and extremely high resistance to processing methods. Furthermore, the large variability in heat resistance in spores that contaminate foods makes it difficult to establish general processing conditions. Such heterogeneity not only derives from inherent differences among species and strains, but also from differences in sporulation environments that are generally ignored in spores encountered in foods. We evaluated heat inactivation kinetics and the thermodependency of resistance parameters in B. subtilis 168 spores sporulated at adverse temperatures, water activity (aw), and pH, applying an experimental approach that allowed us to quantitatively compare the impact of each condition. Reduction of incubation temperature from the optimal temperature dramatically reduced thermal resistance, and it was the most influential factor, especially at the highest treatment temperatures. These spores were also more sensitive to chemicals presumably acting in the inner membrane. Reducing sporulation aw increased heat resistance, although the magnitude of that effect depended on the solute and the treatment temperature. Thus, changes in sporulation environments varied 3D100°C values up to 10.4-fold and z values up to 1.7-fold, highlighting the relevance of taking such a source of variability into account when setting heat processing conditions. UV-C treatment and sodium hypochlorite efficiently inactivated all spore populations, including heat-resistant ones produced at low aw

Generación distribuida: integración económica en las empresas eléctricas distribuidoras

En los últimos años, se ha producido un importante incremento en el número de instalaciones descentralizadas de generación distribuida (GD) que se han conectado a las redes de distribución. Este incremento de conexiones crea una serie de costes o de beneficios sobre las empresas distribuidoras (DSOs), cómo puedan ser aumentar o reducir las pérdidas, necesidad de reforzar la capacidad de las líneas o reducir el volumen de inversiones futuras en la red. Por otro lado, la operación de la red de distribución se complica más y más, pues la red de distribución ya no se considera como una red de carácter radial donde los flujos de potencia van de tensiones superiores a niveles inferiores, sino que las redes muestran comportamientos diferentes a lo largo del día, pues ahora existen generadores que se conectan y desconectan sin un control completo por parte de las DSO. Pero la conexión de de estos generadores en los niveles más bajos de tensión, o incluso en el lado del consumidor, requiere de una serie de modificaciones de naturaleza técnica y regulatoria para poder integrar la GD a gran escala y de una manera eficiente. En este trabajo, se plantearán cuáles son los principales aspectos técnicos y económicos que pueden influir significativamente para la integración de GD, y más concretamente, cual es el contexto político actual en el ámbito europeo. Una vez vistos cuales son estos factores, nos centraremos en aquellos que tienen mayor repercusión económica sobre las empresas eléctricas de distribución, parte clave para una mayor penetración de GD. Para ello se ha realizado una revisión bibliográfica que compara diferentes propuestas de integración a partir de diferentes autores. Por último, se han extraído las conclusiones, donde se ha presentado un esquema regulatorio en base a los puntos de coincidencia de las diferentes propuestas, y se han planteado algunas recomendaciones para facilitar una mayor integración de GD en las redes eléctricas de distribución: - La GD debería pagar por inyectar energía en las redes de distribución, y estas tarifas por uso del sistema (UoS) tendrían que diferir en función de la localización y el horario de uso para reflejar los costes reales de distribución. Los mecanismos fijos, como puedan ser las primas o subvenciones se deben evitar. - La GD podría contribuir positivamente a operar el sistema eléctrico. Esto debería ser reconocido y compensado, bien mediante acuerdos comerciales con los operadores del sistema eléctrico (DSO), o bien a través de la participación de la GD en los mercados. - Los actuales mecanismos de retribución a las distribuidoras deben revisarse en pos de reducir el riesgo percibido. Las DSO deben ser compensadas como consecuencia de las fuertes inversiones que inicialmente tienen que realizar por el impacto de la GD. - El cambio hacia una gestión “activa” de las redes de distribución es fundamental, tanto para poder integrar GD como para poder aprovecharse de ella. - Se hace necesaria una visión conjunta de futuro entre todos los actores del proceso de integración (DSO, GD y regulador)

Análisis de una Organización de Economía Social del Sector de la Discapacidad Intelectual: ATADI

En este Trabajo de Fin de Grado veremos que necesita una asociación para funcionar de manera lícita y correcta, y cuáles son sus derechos y obligaciones, llegando al ejemplo de la Agrupación Turolense de Asociaciones con personas con Discapacidad Intelectual (ATADI).Para ello se debe entender el cómo y porqué del fenómeno asociativo a través de la aparición de la Economía Social, cuáles son sus ventajas y como beneficia a la sociedad su existencia, en una relación recíproca. Por lo que se comenzará con una introducción al recorrido histórico de la Economía Social y de los preceptos y antecedentes legales de este fenómeno en España. <br /

A mega-analysis of expression quantitative trait loci (eQTL) provides insight into the regulatory architecture of gene expression variation in liver

TS was an awardee of the Roche Internships for Scientific Exchange (RiSE) Programme. The work has been supported in part by institutional funds (TG77) of the Institute of Human Genetics Regensburg and by a grant from the Helmut Ecker Foundation (Ingolstadt, Germany) to BHFW (No. 05/17).Peer reviewedPublisher PD

Correlation of Aqueous, Vitreous, and Serum Protein Levels in Patients With Retinal Diseases.

PURPOSE To further establish aqueous humor (AH) as a clinically suitable source of protein biomarkers in retinal diseases by evaluating the correlation of a large panel of proteins between AH, vitreous humor (VH), and serum (SE). METHODS We enrolled 60 subjects (eyes) with various non-infectious retinal diseases. AH, VH, and SE proteins were analyzed using the Olink Target 96 platform (1196 protein assays in total). We compared these three matrices in terms of quantification overlap, principal component analysis, and correlation. RESULTS In the AH, VH, and SE samples, 841, 917, and 1133 proteins, respectively, were consistently quantified above the limit of detection in more than 30% of patients. AH and VH shared 812 of these proteins. AH and VH samples overlapped along principal component 1, but SE samples were distinct. We identified 490 proteins with significant (false discovery rate [FDR]-adjusted P 0.5) between AH and VH, compared to only 33 and 40 proteins for VH and SE and for AH and SE, respectively. CONCLUSIONS Due to a close correlation between protein concentrations in the AH and VH and a clear difference from the SE, AH has the potential to serve as a substitute for VH and may hold significance in identifying protein biomarkers and novel targets related to retinal diseases. TRANSLATIONAL RELEVANCE This study further supports AH as a clinically suitable source of protein biomarkers in retinal diseases. In addition, the identified AH and VH correlations can inform the selection of protein biomarker candidates in future translational research

Intervención arqueológica en la escombrera del taller de vasos de alabastro de Rodén (Fuentes de Ebro, Zaragoza)

Se presentan las excavaciones realizadas en la escombrera del taller de vasos de alabastro de Rodén (Zaragoza). Se exponen las características de la actuación, se analiza la estratigrafía y cronología del yacimiento, los rasgos técnicos del tipo de artesanía documentada y se estudian los elementos asociados, especialmente las cerámicas, con producciones prehistóricas, medievales y modernas registradas a lo largo de una secuencia que se extiende desde el siglo V a.C. hasta el XVIII. Como resultado ha sido posible determinar la naturaleza del hallazgo —una escombrera de desechos de producción—, fijar la cronología del taller en la primera mitad del siglo XI, coincidiendo con el desarrollo de la taifa de Zaragoza, y explicar la evolución del yacimiento entre los siglos XIV y XVIII a partir de las cerámicas entre las que resultan especialmente significativas las producciones esmaltadas

Intervención arqueológica en la escombrera del taller de vasos de alabastro de Rodén (Fuentes de Ebro, Zaragoza)

Se presentan las excavaciones realizadas en la escombrera del taller de vasos de alabastro de Rodén (Zaragoza). Se exponen las características de la actuación, se analiza la estratigrafía y cronología del yacimiento, los rasgos técnicos del tipo de artesanía documentada y se estudian los elementos asociados, especialmente las cerámicas, con producciones prehistóricas, medievales y modernas registradas a lo largo de una secuencia que se extiende desde el siglo v a.C. hasta el xviii. Como resultado ha sido posible determinar la naturaleza del hallazgo —una escombrera de desechos de producción—, fijar la cronología del taller en la primera mitad del siglo xi, coincidiendo con el desarrollo de la taifa de Zaragoza, y explicar la evolución del yacimiento entre los siglos xiv y xviii a partir de las cerámicas entre las que resultan especialmente significativas las producciones esmaltadas

A method for detecting epistasis in genome-wide studies using case-control multi-locus association analysis

<p>Abstract</p> <p>Background</p> <p>The difficulty in elucidating the genetic basis of complex diseases roots in the many factors that can affect the development of a disease. Some of these genetic effects may interact in complex ways, proving undetectable by current single-locus methodology.</p> <p>Results</p> <p>We have developed an analysis tool called Hypothesis Free Clinical Cloning (HFCC) to search for genome-wide epistasis in a case-control design. HFCC combines a relatively fast computing algorithm for genome-wide epistasis detection, with the flexibility to test a variety of different epistatic models in multi-locus combinations. HFCC has good power to detect multi-locus interactions simulated under a variety of genetic models and noise conditions. Most importantly, HFCC can accomplish exhaustive genome-wide epistasis search with large datasets as demonstrated with a 400,000 SNP set typed on a cohort of Parkinson's disease patients and controls.</p> <p>Conclusion</p> <p>With the current availability of genetic studies with large numbers of individuals and genetic markers, HFCC can have a great impact in the identification of epistatic effects that escape the standard single-locus association analyses.</p

Genetic study of neurexin and neuroligin genes in Alzheimer's disease

The interaction between neurexins and neuroligins promotes the formation of functional synaptic structures. Recently, it has been reported that neurexins and neuroligins are proteolytically processed by presenilins at synapses. Based on this interaction and the role of presenilins in familial Alzheimer's disease (AD), we hypothesized that dysfunction of the neuroligin-neurexin pathway might be associated with AD. To explore this hypothesis, we carried out a meta-analysis of five genome-wide association studies (GWAS) comprising 1, 256 SNPs in the NRXN1, NRXN2, NRXN3, and NLGN1 genes (3,009 cases and 3,006 control individuals). We identified a marker in the NRXN3 gene (rs17757879) that showed a consistent protective effect in all GWAS, however, the statistical significance obtained did not resist multiple testing corrections (OR = 0.851, p = 0.002). Nonetheless, gender analysis revealed that this effect was restricted to males. A combined meta-analysis of the former five GWAS together with a replication Spanish sample consisting of 1,785 cases and 1,634 controls confirmed this observation (rs17757879, OR = 0.742, 95% CI = 0.632-0.872, p = 0.00028, final meta-analysis). We conclude that NRXN3 might have a role in susceptibility to AD in males.Peer Reviewe